Primera Temporada:

0. The Cage -- Bajo el mando del Capitán Christopher Pike, el Enterprise responde a la llamada de auxilio de una nave estelar que lleva 20 años perdida.

1. The Man Trap -- Durante una misión de rutina, tres miembros de la tripulación son asesinados por una misteriosa criatura que puede tomar la forma de cualquier persona.

2. Charlie X -- Un joven de diecisiete años que es el último sobreviviente de la colonia Thasus es rescatado por el Enterprise donde empieza a causar problemas con sus poderes psíquicos.

3. Where No Man Has Gone Before -- El Enterprise encuentra un campo de fuerza en el borde de la galaxia que intensifica los poderes psíquicos del Teniente Comandante Gary Mitchell causando problemas a bordo de la nave.

4. The Naked Time -- En el planeta Psi 2000 un equipo de rescate contrae un virus que suprime sus inhibiciones causando el caos abordo del Enterprise.

5. The Enemy Within -- Un malfuncionamiento de los transportadores divide a Kirk en dos mitades, una buena pero débil y la otra malvada y poderosa.

6. Mudd's Women -- El contrabandista interestelar Harry Mudd es traído a bordo del Enterprise con tres mujeres hermosas que esconden un oscuro secreto detrás de su belleza.

7. What Are Little Girls Made Of? -- En la búsqueda del exprometido de la enfermera Chapel, la tripulación del Enterprise descubre un impactante secreto acerca del equipo explorador perdido.

8. Miri -- El Enterprise encuentra un planeta similar a la Tierra, donde un extraño virus ha causado la muerte de todos los adultos.

9. Dagger of the Mind -- Un demente prófugo del penal de la colonia en Tantalus V utiliza una máquina para lavar el cerebro en un intento de apoderarse del Enterprise.

10. The Corbomite Maneuver -- El Enterprise hace primer contacto con el malvado Balok y su enorme nave esférica, el Fesarius.

11. The Menagerie, Part I -- Spock secuestra al Capitán Pike y roba el Enterprise para llevarlo a Talos IV, un planeta prohibido por la Federación.

12. The Menagerie, Part II -- El Comodoro Mendez y el Capitán Kirk alcanzan al Enterprise y llevan a cabo una Corte Marcial en contra de Spock.

13. The Conscience of the King -- La tripulación del Enterprise descubre que el líder de un grupo de teatro ambulante puede ser en realidad un temido asesino.

14. Balance of Terror -- Un ave de presa Romulana ataca un puesto de la Federación cerca de la Zona Neutral iniciando una confrontación con el Enterprise.

15. Shore Leave -- La tripulación descubre un lugar perfecto para vacacionar, pero una serie de misteriosas muertes esconde un oscuro secreto sobre el paradisíaco planeta.

16. The Galileo Seven -- Spock encuentra el liderazgo difícil cuando su transbordador choca en Taurus II y la tripulación tiene problemas para seguir sus órdenes.

17. The Squire of Gothos -- La tripulación del Enterprise es prisionera de una poderosa forma de vida llamada Trelane que esta fascinada con la raza humana.

18. Arena -- Luego de perseguir a una nave Gorn por un sector inexplorado del espacio, Kirk y el comandante Gorn son transportados a un planeta desierto donde son forzados a mantener un duelo a muerte.

19. Tomorrow Is Yesterday -- El Enterprise es transportado en el tiempo al siglo 20 en la Tierra donde es reportado como un OVNI por un piloto de la Fuerza Aérea norteamericana.

20. Court Martial -- Durante una parada en la Estación Espacial 11, Kirk enfrenta una Corte Marcial debido a la muerte de un tripulante.

21. The Return of the Archons -- Investigando la misteriosa desaparición de una nave, la tripulación encuentra un extraño planeta cuyos habitantes le temen al poderoso Landru.

22. Space Seed -- El Enterprise encuentra al SS Botany Bay, una nave del siglo 20 terrestre conteniendo a un grupo de superhombres en estado de hibernación.

23. A Taste of Armageddon -- Luego de ignorar varias advertencias de alejarse de un misterioso planeta, el Enterprise se encuentra en medio de una guerra peleada únicamente por computadoras.

24. This Side of Paradise -- La tripulación se sorprende al descubrir que los habitantes de Omicron Ceti III se encuentran en perfecto estado de salud a pesar de la intensa radiación que afecta al planeta.

25. The Devil in the Dark -- El Enterprise es enviado a investigar una serie de muertes en una mina de dilithium las cuales parecen haber sido causadas por una misteriosa criatura.

26. Errand of Mercy -- Cuando le es asignada la misión de impedir que los Klingons se apoderen del planeta Organia, Kirk encuentra que es imposible convencer a sus habitantes del peligro en que se encuentran.

27. The Alternative Factor -- Al descubrir una grieta en la continuidad espacio-tiempo, el Enterprise encuentra a un hombre que asegura que una versión alterna de su persona quiere matarlo.

28. The City on the Edge of Forever -- Luego de una sobredosis accidental de un estimulante, el Doctor McCoy salta a través de un portal del tiempo en un planeta desierto y termina en la Tierra en el siglo 20.

29. Operation: Annihilate! -- Mientras investiga la muerte del hermano de Kirk y otros colonos en el planeta Deneva, Spock es atacado por una criatura voladora que se une al sistema nervioso de sus víctimas.

Primera Temporada

Segunda Temporada

Tercera Temporada

(Fuente: http://lauruguaya.tripod.com) Guía reproducida con autorización.